平菇生產的各個環(huán)節(jié)，都有可能遭受雜菌污染，必須及時防治。常見的雜菌主要有以下幾種：

(1)細菌多數發(fā)生在母種斜面上，原種、栽培種危害都比較輕。細菌污染的特點是繁殖快，一般接種后10～24小時就能表現出來。防治方法：一是接種工具一定要酒精擦和用火焰滅菌。二是培養(yǎng)基滅菌要按照規(guī)定進行。

(2)青霉和木霉青霉菌危害常見于原種和栽培種。侵入后很快萌發(fā)長成菌絲，覆蓋在培養(yǎng)基表面。木霉菌發(fā)生在子實體形成期。這兩種雜菌出現時，應及時把它挖除。

(3)鏈孢霉在夏季高溫季節(jié)，最容易發(fā)生鏈孢霉，并產生大量橘紅色粉狀孢子。為鏈孢霉污染的菌種，要及時淘汰；瓶子要徹底清洗，并用0.05％高錳酸鉀水浸泡，或經蒸煮滅菌后方可使用。